Ça y est, j'ai compris et reproduit facilement ta manip "fraudumeuse"
Lorsque tu as dessiné ton premier objet, tu n'avais probablement pas encore de calque créé. Il s'est trouvé dessine dans la page de dessin de Inkscape (c'est un peu l'équivalent du calque 0 séro dans un logiciel de dessin industriel).
Tu as créé tes deux calques et tu as dessiné dans le calque "dessin". Ceci est une utilisation normale de Inkscape

Quand tu fermes les calques, le dessin situé dans la fenêtre de dessin reste visible puisque pas dessiné dans un calque.
Un "couper" du dessin sélectionné dans la fenêtre de dessin puis un "coller sur place" dans le calque dessin a fait revenir le dessin dans le bon calque. CQFD !
Et donc : il faut toujours dessiner dans un calque
A+
COGITO ERGO SUM.
Linux DEBIAN 10, Inkscape 0.92, Scribus 1.4.8 et aussi Gimp, Blender, ...